PhylomeDB: a database for genome-wide collections of gene phylogenies

Paper que publiqué en 2008 en la revista Nucleic Acid Research (Factor de Impacto: 7.8) junto con Jaime Huerta-Cepas, Joaquín Dopazo y Toni Gabaldón, del Centro de Investigación Príncipe Felipe de Valencia.

Presentaba a la comunidad científica el portal que habíamos desarrollado, de nombre PhylomeDB (http://phylomedb.org/)

PhylomeDB es un servidor de datos de filomas completos. En un principio sólo estaban disponibles los datos para tres especies: Humano, levadura y Drosophila. Actualmente ya cuenta con 19 de ellos. Los servicios que nos ofrece este portal son: búsqueda y exploración de los filomas, visualización y manipulación de los alineamientos, visión y manipulación con gran libertad de los árboles filogenéticos mediante la herramienta ETE (http://ete.cgenomics.org/).

Aqui tenéis el abstract del artículo y un enlace a la versión completa descargable en PDF:

ABSTRACT
The complete collection of evolutionary histories of all genes in a genome, also known as phylome, constitutes a valuable source of information. The reconstruction of phylomes has been previously prevented by large demands of time and computer power, but is now feasible thanks to recent developments in computers and algorithms. To provide a publicly available repository of complete phylomes that allows researchers to access and store large-scale phylogenomic analyses, we have developed PhylomeDB. PhylomeDB is a database of complete phylomes derived for different genomes within a specific taxonomic range. All phylomes in the database are built using a high-quality phylogenetic pipeline that includes evolutionary model testing and alignment trimming phases. For each genome, PhylomeDB provides the alignments, phylogentic trees and tree-based orthology predictions for every single encoded protein. The current version of PhylomeDB includes the phylomes of Human, the yeast Saccharomyces cerevisiae and the bacterium Escherichia coli, comprising a total of 32 289 seed sequences with their corresponding alignments and 172 324 phylogenetic trees. PhylomeDB can be publicly accessed at http://phylomedb.bioinfo.cipf.es

ENLACE
http://nar.oxfordjournals.org/content/36/suppl_1/D491.full.pdf+html

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